No ano de 2015, os Anjos, máquinas de guerra alienígenas enormes e tremenda poderosas, aparecem em Tóquio pela segunda vez. A única esperança para a sobrevivência da Humanidade está na Evangelion, uma máquina de luta humanóide desenvolvida pela NERV, uma agência especial das Nações Unidas. Capaz de resistir a qualquer coisa que os Anjos podem despejar, o único impasse da Evangelion está no número limitado de pessoas capazes de pilotá-la. Apenas um punhado de adolescentes, todos nascidos há quatorze anos, nove meses depois que os Anjos apareceram pela primeira vez, conseguem se comunicar com a Evangelion. Um tal adolescente é Shinji Ikari, cujo pai chefia o time NERV que desenvolveu e mantém a Evangelion. Lançado em um redemoinho de batalha e eventos que ele não compreende, Shinji é forçado a investigar as profundezas de seus próprios recursos internos pela coragem e força não apenas para lutar, mas para sobreviver, ou arriscar perder tudo.
