Uma noite, a menina de 14 anos Madoka Kaname tem um terrível pesadelo - contra o cenário de uma cidade devastada, ela presencia uma menina lutar uma batalha perdida contra um ser terrível pairando acima, enquanto uma criatura mágica parecida com um gato diz a Madoka que a única forma de mudar tal resultado trágico é para ela fazer um contrato com ele e se tornar uma menina mágica. No dia seguinte, o sonho da adolescente aparentemente se torna realidade conforme a menina que ela viu em seu sonho—Homura—chega na Mitakihara Middle School como uma aluna transferida, misteriosamente avisando a Madoka a permanecer do jeito que ela é; mas quando posteriormente ela e sua melhor amiga Sayaka encontram a mesma criatura mágica parecida com um gato de seu sonho—que se apresenta como Kyubey—o par descobre que meninas mágicas são reais, e além do mais, elas podem escolher se tornar uma. Tudo que elas devem fazer é assinar um contrato com Kyubey e concordar em assumir o dever de lutar contra seres abstratos chamados 'bruxas' que espalham desespero para o mundo humano, e em retorno, cada uma delas será concedida qualquer desejo único que desejem. Porém, como a abstenção de Homura sugere, pode haver muito mais para se tornar uma menina mágica do que Madoka e Sayaka percebem...
