Mio é uma garota no ensino médio que não se dedica aos estudos, adia fazer suas tarefas de casa e não é boa em se esforçar. Ela e seu amigo de infância Arata e melhor amiga Madoka passam seus dias após a escola em Ikebukuro se divertindo. Um dia, porém, Madoka diz a Mio que está apaixonada por Arata, e Mio percebe que também ama Arata. Mas ela tem medo do trio se separar e mente dizendo que vai ajudá-los. Mio não sabe o que fazer, então deliberadamente age friamente com Arata, e os dois brigam. Mio logo percebe que tudo o que está fazendo é fugindo de seus sentimentos e decide resolver as coisas com Arata e fazer as pazes com ele. Ela vai ao seu encontro na chuva mas sofre um acidente de carro. Quando acorda, se encontra em um mundo misterioso. Trens estão circulando sobre a água, e ao lado deles, belas baleias estão nadando. É um lugar que ela nunca tinha visto antes. Quando seu trem chega à estação e ela passa pelas catracas, se encontra no Ikebukuro que conhece bem! Mas algo é diferente. Enquanto nervosamente caminha pela cidade, ela encontra GiMON, que se chama de guia deste mundo. GiMON diz que ela está na 'Fronteira do Mundo' e tenta fazê-la abrir uma porta que segundo ele leva a qualquer mundo que ela deseja ir. Uma garota misteriosa chamada Kiku a interrompe e lhe diz que a verdadeira saída da Fronteira do Mundo é um lugar chamado Balcão de Coisas Esquecidas. Quando ela chegar lá, terá que compartilhar com ele uma memória perdida preciosa e seu forte desejo de voltar para casa. Junto com GiMON e Kiku, ela encontra o Balcão de Coisas Esquecidas, mas por alguma razão, ela não sabe qual é sua memória preciosa. Quando não consegue responder, os dois desaparecem. Deixada sozinha em um Ikebukuro vazio, ela é forçada a procurar pela coisa perdida que ela tesoura em uma cidade agora transbordando de memórias.
