No futuro misterioso, organismos cristalinos chamados Gems habitam um mundo que foi destruído por seis meteorites. Cada Gem é atribuído um papel para lutar contra os Lunarians, uma espécie que os ataca para shatter seus corpos e usá-los como decorações. Phosphophyllite, também conhecida como Phos, é uma Gem jovem e frágil que sonha em ajudar seus amigos nos esforços da guerra. Em vez disso, eles são ditos compilar uma enciclopédia por causa de sua condição delicada. Após relutantemente embarcar nesta tarefa, Phos conhece Cinnabar, uma gema inteligente que tem sido relegada a patrulhar a ilha isolada à noite por causa da poison corrosiva que seu corpo cria. Após ver como Cinnabar é infeliz, Phos decide encontrar um papel que ambas as Gems rejeitadas conseguem desfrutar. Houseki no Kuni segue os esforços de Phos de ser útil e proteger seus Gems colegas.
