Seguindo um surto súbito de psicocinese em 0.1% da população, uma transformação rápida varrreu o mundo. A habilidade godlike de manipular matéria remotamente virou muitos detentores de poder para violência, incitando um longo período de turbulência. Finalmente, após uma era caótica moldada pela subida e queda de regimes opressivos, os humanos psíquicos foram capazes de alcançar uma paz frágil ao isolar sua sociedade, criando um novo mundo vinculado por regras complexas. Na cidade de Kamisu 66, Saki Watanabe de 12 anos acabou de acordar para seus poderes e está aliviada em se reunir com seus amigos—o Satoru Asahina travesso, o tímido Mamoru Itou, o alegre Maria Akizuki, e Shun Aonuma, um menino misterioso pelo qual Saki admira—na Sage Academy, uma escola especial para psíquicos. Porém, inquietação paira conforme Saki começa a questionar o destino daqueles incapazes de acordar para seus poderes, e as crianças começam a se envolver com assuntos secretivos como os rumores Tainted Cats disse que sequestram crianças. Shinsekai yori conta a história de vinda-de-idade única de Saki e seus amigos conforme eles jornadeiam para crescer em seus papéis na suposta utopia. Aceitando estes papéis, porém, pode não vir fácil quando enfrentado com as verdades escuras e chocantes da sociedade, e o caos iminente nascido do novo mundo.
