A história começa no futuro distante nos confins da galáxia. A Human Galactic Alliance tem estado constantemente lutando por sua sobrevivência contra uma raça grotesca de seres chamada "Hidiaazu". Durante uma batalha intensa, o jovem tenente Ledo e sua arma móvel humanóide Chamber são engolidos em uma distorção de tempo e espaço. Acordando de sua hibernação induzida artificialmente, Ledo percebe que chegou na Terra, o planeta na fronteira perdida. Neste planeta que foi completamente inundado pelos mares, as pessoas vivem em frotas de navios gigantes, salvando relíquias das profundezas dos mares para sobreviver. Ledo chega em uma das frotas chamada Gargantia. Sem conhecimento da história ou cultura do planeta, ele é forçado a viver ao lado de Amy, uma rapariga de 15 anos que serve como mensageira a bordo da frota Gargantia. Para Ledo, que viveu uma vida onde ele conhece nada além de lutar, esses dias de paz continuam a surpreendê-lo.
