Conforme o mundo está no meio de uma revolução industrial, um monstro aparece que não consegue ser derrotado a menos que seu coração, que é protegido por uma camada de ferro, seja perfurado. Ao infectar humanos com sua mordida, o monstro consegue criar criaturas agressivas e mortas-vivas conhecidas como Kabane. Na ilha Hinomoto, localizada no extremo leste, pessoas construíram estações para se abrigar dessas criaturas. As pessoas acessam a estação, bem como transportar wares entre elas, com a ajuda de uma locomotiva funcionando a vapor, chamada Hayajiro. Ikoma, um menino que vive na estação de Aragane e ajuda a construir Hayajiro, cria sua própria arma chamada Tsuranukizutsu para derrotar as criaturas. Um dia, conforme ele aguarda uma oportunidade de usar sua arma, ele conhece uma menina chamada Mumei, que é dispensada do inspetção obrigatória de Kabane. Durante a noite, Ikoma conhece Mumei novamente conforme ele vê Hayajiro saindo fora de controle. O pessoal na locomotiva se transformou nas criaturas. A estação, agora sob ataque por Kabane, é a oportunidade que Ikoma tem estado procurando.
