Em 2024, ocorreu o incidente terrorista conhecido como "O Incidente do Homem Ridente" no qual Ernest Serano, presidente da empresa revolucionária de micromáquinas Sereno Genomics, foi sequestrado e resgatado. Um dia, o caso permanecendo sem solução por seis anos, o detetive Yamaguchi, que vinha investigando "O Incidente do Homem Ridente", envia a notícia de que deseja se encontrar com Togusa da Seção 9 de Segurança Pública. Porém, logo após enviar essa mensagem, Yamaguchi, crucial para o sucesso do caso, morre em um acidente. Muitos dias se passam e em meio a um rodízio de entrevista policial sobre suspeitas de interceptadores, um aviso é recebido do "Homem Ridente" sobre seu próximo crime. O hacker incorpóreo começa a se mover uma vez mais.
