"Para se obter algo, algo de valor igual deve ser perdido." Alquimia é governada por essa Lei da Troca Equivalente—algo que os jovens irmãos Edward e Alphonse Elric apenas percebem após tentarem transmutação humana: o ato proibido da alquimia. Eles pagam um preço terrível por sua transgressão—Edward perde sua perna esquerda, Alphonse seu corpo físico. É apenas pelo sacrifício desesperado do braço direito de Edward que ele consegue prender a alma de Alphonse em uma armadura. Devastado e sozinho, é a esperança de que ambos eventualmente retornem aos seus corpos originais que dá a Edward a inspiração para obter membros metálicos chamados "automail" e se tornar um alquimista estatal, o Alquimista de Aço Completo. Três anos de buscas depois, os irmãos procuram pela Pedra Filosofal, uma relíquia mítica que permite a um alquimista superar a Lei da Troca Equivalente. Mesmo com aliados militares Coronel Roy Mustang, Tenente Riza Hawkeye e Tenente Coronel Maes Hughes ao seu lado, os irmãos se veem envolvidos em uma conspiração nacional que os leva não apenas à natureza verdadeira da elusiva Pedra Filosofal, mas à história sombria de seu país também. Entre encontrar um assassino em série e correr contra o tempo, Edward e Alphonse devem se perguntar se o que estão fazendo os tornará humanos novamente... ou tirará sua humanidade.
