FLCL Progressive

Muitos anos se passaram desde que Naota e Haruhara Haruko compartilharam sua aventura juntos. Enquanto isso, a guerra entre as duas entidades conhecidas como Medical Mechanica e Fraternity ruge pela galáxia. Entre Hidomi, uma jovem rapariga que acredita que não há nada incrível a esperar de sua vida média, até que um dia quando uma nova professora chamada Haruko chega à sua escola. Logo, Medical Mechanica está atacando sua cidade e Hidomi descobre um segredo dentro de si que poderia salvar a todos, um segredo que apenas Haruko pode desbloquear. Mas por que Haruko retornou à Terra? O que aconteceu com sua Rickenbacker 4001 que deixou com Naota? E para onde foi o robô de tipo humano 'Canti'?