Pintado em vermelho, a palavra "VON" é tudo que fica para trás após um ataque terrorista em uma instalação nuclear no Japão. O governo está despedaçado por sua incapacidade de agir, e a polícia é deixada franticamente procurando por formas de derrotar os perpetradores. O público está ignorante—até, seis meses depois, um estranho vídeo se faz seu caminho para a internet. Nele, dois adolescentes que se identificam apenas como "Sphinx" desafiam diretamente a polícia, ameaçando causar destruição e caos por toda Tóquio. Incapaz de impedir o pânico em massa rapidamente espalhando por toda a cidade e desesperado por qualquer pista em sua investigação, a polícia se esforça para agir efetivamente contra estes terroristas, com o Detetive Kenjirou Shibazaki pego no meio de tudo. Zankyou no Terror conta a história de Nine e Twelve, os dois garotos atrás das figuras mascaradas de Sphinx. Eles não deveriam existir, e ainda assim eles se mantêm firmes em um mundo de engano e segredos enquanto eles fazem a cidade cair ao seu redor, tudo na esperança de enterrar sua própria verdade trágica.
