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O catáclismo "Martelo do Éden" resultou na perda de seis bilhões de vidas e na inundação de 90% das terras. As Nações Unidas Reconstruídas foram formadas para buscar paz nas terras arruinadas 14 anos depois. Keel é um menino vivendo em uma cidade chamada Yabitsu, uma área que prosperou graças à energia do gerador nuclear trazido pelo catáclismo. Sua próxima parente, Aoi, é a secretária-geral das Nações Unidas Reconstruídas. Ela vê o catáclismo como uma oportunidade de criar um novo mundo em que as nações possam se ajudar para superar diferenças de raças e religiões. No entanto, seus esforços para realizar essa visão falham por causa da recusa das nações em mudar. Gould, um oficial militar, acredita que a única maneira de impor ordem é através do militar. Usando Ulysses, um submarino nuclear, junto com sua tripulação, incluindo o irmão de Keel, Tean, Gould executa um golpe para declarar guerra contra as Nações Unidas Reconstruídas em seu ataque a Yabitsu.