O excêntrico, auto-proclamado cientista maluquinha Rintarou Okabe se tornou um casca de seu antigo ser. Deprimido e traumatizado após falhar em resgatar seu amigo, ele decidiu forsake seu alter ego cientista maluquinho e viver como um aluno de faculdade ordinário. Cercado por amigos que sabem pouco de suas experiências de viagem do tempo, Okabe passa seus dias tentando esquecer os horrores de suas aventuras sozinho. Enquanto trabalha como recepcionista em um fórum de tecnologia da faculdade, Okabe conhece o curto, enérgico Maho Hiyajo, que mais tarde acaba sendo o intérprete na apresentação do fórum, conduzida pelo Professor Alexis Leskinen. Diante de uma multidão surpresa, Alexis e Maho desvelam Amadeus—uma IA revolucionária capaz de armazenar as memórias de uma pessoa e criar uma perfeita simulação daquela pessoa completa com sua personalidade e peculiaridades. Encontrando com Maho e Alexis após a apresentação, Okabe aprende que os dois eram colegas de Kurisu na universidade, e que eles simularam ela em Amadeus. Contratado por Alexis para pesquisar o comportamento da simulação, Okabe recebe a chance de interagir com a sombra de um querido amigo perdido há longo tempo. Perigosamente envolvido no passado, Okabe deve enfrentar a realidade severa e cuidadosamente manobrar ao redor das consequências desastrosas que vêm com perturbar o fluxo natural do tempo.
