Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

Um grupo chamado Shinkansen Ultra Evolution Institute investiga uma série recente de ataques de monstros ocorrendo no Japão após o aparecimento de um misterioso Black Shinkansen. A SUEI possui uma arma poderosa para o combate: os Shinkalions, trens-bala que podem se transformar em gigantescos mecha. Um menino, Hayato Hayasugi, era um enorme fã de trens e descobriu o trabalho secreto de seu pai para a SUEI. Surpreendentemente, Hayato logo se tornou um piloto de Shinkalion! Como talvez a melhor chance de sobrevivência do Japão, Hayato e outras crianças assumem a grande responsabilidade de lutar contra inimigos sobrenaturais. Agora, um novo gigantesco inimigo vindo do espaço surge para conquistar o planeta. Embora a SUEI possua um novo Shinkalion protótipo conhecido como ALFA-X para enfrentar o combate, o pai de Hayato, Hokuto, desaparece. Uma versão de Hokuto aos 9 anos viaja através do tempo até o presente para ajudar no combate contra os invasores alienígenas e pilota o ALFA-X!