Qualquer rede corre por todo o mundo, e o desenvolvimento da rede de informações atinge seu pico. Nesta era, existem dois mundos desenvolvidos; "o mundo real" e "wired", ou o mundo da rede virtual. Soma Toru pertence a um grupo hacker, Steppen Wolf, que corre livremente pelo mundo da rede. Eles atacam o banco de dados das forças da ONU como seu último trabalho. Durante esse ataque, ele perde Nonomura Yuya, seu amigo e também o líder da equipe. Toru é preso pelo exército. Em troca de deixá-lo livre, ele tem que trabalhar para uma organização anti-hacker, o primeiro esquadrão da Administração do Bureau de Informação da Força de Segurança da ONU. Trabalhando para eles, ele está procurando pela pessoa que matou seu amigo, enquanto os outros membros também têm suas próprias razões para lutar. As três lutas pelo poder do grupo terrorista, da empresa de segurança e do exército continuam todos os dias. Os vários eventos ocorridos durante a luta parecem ser independentes uns dos outros à primeira vista, mas estão convergindo em um evento como se fossem atraídos por algo. Baseado no jogo de GIGA.
