Durante os anos 30 iniciais em Chicago, o trem transcontinental, Flying Pussyfoot, está começando sua jornada lendária que deixará uma trilha de sangue por todo o país. Ao mesmo tempo em Nova York, o cientista ambicioso Szilard e seu assistente relutante Ennis, estão procurando por garrafas faltando do elixir de imortalidade. Além disso, uma guerra entre os grupos de máfia está piorando. A bordo do Advena Avis, em 1711, alquimistas estão prestes a aprender o preço da imortalidade. Baseado nos light novels premiados de mesmo nome, esta adaptação anime segue vários eventos que inicialmente parecem não relacionados, tanto em tempo quanto lugar, mas são parte de uma história muito maior—um de alquimia, sobrevivência e imortalidade. Merging estes eventos juntos estão os ladrões bem-intencionados de boa vontade, Isaac e Miria, conectando várias pessoas, todas com suas agendas ocultas e agenda próprias, e criando ligações duradouras e consequências para todos envolvidos.
