O amor é inusitado para Koizumi Risa e Ootani Atsushi, que estão ambos se esforçando para encontrar seu parceiro ideal no ensino médio – Koizumi com 172 cm de altura é muito mais alta do que a garota média, e Ootani é muito mais curto do que o garoto médio a 156 cm. Para adicionar aos seus problemas, seus amores caem um pelo outro, deixando Koizumi e Ootani cômicamente alarmados e de coração partido. Para piorar ainda mais, eles até são rotulados como um duo de comédia por seu professor do período de classe por causa de suas personalidades e a diferença gritante em suas alturas, e seus colegas de classe até pensam em seus argumentos como esboços. Lovely★Complex segue Koizumi e Ootani conforme se encorajam mutuamente em encontrar amor e se tornam amigos próximos. Além de suas travessuras ridículas, logo descobrem uma semelhança inesperada em seus gostos musicais e de moda. Talvez possuam uma química ainda desconhecida, mas o amor poderia realmente florescer entre o casal desajustado?
